知床沿岸では流氷期を中心にゴマフアザラシ、クラカケアザラシ、ワモンアザラシなどが姿を見せます。また知床に近い野付半島では流氷期以外の時期にも、のんびりと日向ぼっこするゴマフアザラシの群（ここ数年１頭のゼニガタアザラシが混じっています）を見ることができます。アザラシ以外の海獣類ではトドやオットセイも観察できます。トドは半島羅臼側で多く観察できます。

　博物館では毎年４月末から６月初めにかけて、春に生まれたアザラシの子がたびたび保護されます。ほとんどがゴマフザザラシですが、ワモンアザラシやクラカケアザラシが保護されることもあります。保護されたアザラシは順調に回復すれば、約１ヶ月で再び海に戻されます。しかし保護期間に人に慣れてしまったアザラシは、放しても、岸に戻ったり、港の釣り人に近寄って釣り針やテグスを体に引っかけてしまったりと、海に戻すのも容易いことではありません
●過去のアザラシ保護記録（1997-2003）。